Las pinturas rupestres se encuentran ubicadas en múltiples sitios dentro de la Sierra de San Francisco, en el corazón de la Reserva de la Biosfera El Vizcaíno en el norte de Baja California Sur, dentro del municipio de Mulegé. El área de pinturas es muy extensa, dado que en realidad se trata de una porción más de una infinita cadena de áreas arqueológicas de la península; si bien estas se distribuyen sobre 12 cañones principales, siendo la zona de visita principal la que se encuentra cercana al Valle de Santa Martha.
Existen datos en la Reserva de la Biosfera del El Vizcaíno, que estiman al menos 2000 sitios con evidencias humanas, siendo el sitio de mayor concentración la Sierra de San Francisco, con al menos 300 sitios entre cuevas de pinturas rupestres, zonas de petroglifos, o ambas. Las pinturas se encuentran en las paredes laterales de refugios rocosos en los barrancos de difícil acceso de la zona montañosa. Las del área de San Francisco están divididos en cuatro grupos principales: Guadalupe, Santa Teresa, San Gregorio y Cerritos. Los sitios más importantes son la Cueva del Batequi, Cueva La Pintada, la Cueva de la Natividad, el Cerro de Santa Marta, la Cueva de la Soledad, la Cueva de las Flechas y las Grutas del Brinco.