Aunque estuvo menos de un año al frente de la Secretaría de Finanzas y Planeación (Sefiplan) en el gobierno duartista, Fernando “N” también resultó implicado en presuntos desvíos de recursos denunciados por la Auditoría Superior de la Federación, ante lo cual el exfuncionario obtuvo un nuevo amparo. Por tal razón promovió el juicio de amparo 76/2023 en contra de la ejecución de una eventual orden de aprehensión por parte de las autoridades ministeriales.